Sau nhiều lần tra khảo, ngày 8.11.1838. các quan tỉnh Đống Hới kết thúc bản án trình về Bộ.
Bản án được ghi:
* Chúng tôi, Nguyền Đăng Uẩn làm Bổ chánh và Phan Trừ làm Án sát. là những kẻ Đức vua đã ban hạ chức phẩm cho, đã vâng lệnh Đức Hoàng đế mà xét các lẽ trong đạo Giatô dạy. Thật đạo ấy làm cho lòng người ra bổi rối tối tăm mê muội. Bấy lâu Đức Hoàng đế đã dạy sự thật cách minh bạch và đã cấm đạo ấy cách nghiêm nhật tìhiiu lân.
(Phần kể tội Đức cha Cao. không ghi ỏ đây)
“…về đạo trưởng Vũ Đăng Khoa và Nguyễn Thì Điểm, chúng nó cùng môt tội như vậy, và đã đi lại với danh Cao. vả lại nó cổ chấp bất khẳng khoá quá Thập tự nên nó trọng tội. Bởi đó. giả như có lập án cho nó phải xử giaỏ giam hậu thì vạ cũng chưa xứng. Ẩy vậy hai lên VÛ Đăng Khoa và Nguyễn Thì Điểm cũng nên xử trảm quyết tức thì...”
Hay tin các quan tĩnh đă đệ bản án về Kinh, các đấng biết minh sắp lãnh phước tử đạo. Tối đến. các Ngài cùng nhau hát kinh Tin Kinh và kinh Tạ ơn.
Ngày 20.11.1838. vua Minh Mệnh phê chuẩn bản án và ra chiếu chỉ cho các quân tỉnh thi hành:
“Minh Mệnh thập cừu niên. tháng 10. mồng 2“
■ (Phần ghi về Đức cha Cao. không kể ỏ đây)
Vũ Đăng Khoa và Nguyễn Thì Điểm là hai người bản quốc đã đổng tâm cùng Tây dương danh Cao mà làm điều ngang trái, dùng mưu kể kín nhiệm gian dổi dỗ dành che lấp tri khôn dân sự cho ra tối mê. Nay bắt được cũng đă tra khảo, nhưng nó bất khẳng khoá quá Thập tự. Bởi nó đã rõ nó chấp nhất, trọng tội lắm. bất đắc nhiêu thứ cho nó."
Ấy vậy khép án :
“ cho hai danh phạm Vũ đăng Khoa và Nguyễn Thì Điểm phái xử giâo quyết và liệu tức thì cho được răn.”
(Đức cha Cao bị khép án xử tràm quyết).
7. 
LỄ HIẾN DÂNG Ngày 24.11.1838, các quan tỉnh nhận được chiếu chỉ vua, quan An liền truyền ông Đội làm thịt con gà thết đãi ba đấng. Thấy mâm dọn mời, các Ngài hiểu ỷ song các Ngài từ chối không ăn. Đức cha Cao nói: “Mới ăn rồi, vả lại hôm nay ngày thứ Bảy, là ngày chúng tôi kiêng thịt, cám ơn”. Tuy nhiên, theo phép lịch sự, các Ngài cũng có uống một chút rượu.
Các tù nhân đạo đời vào gĩa từ lạy ba đấng, nước mắt chảy ròng ròng, nhâ't là thầy Tự và ông trùm Năm.
Quan truyền đóng gông điệu ba đấng đi xử, có quan giám sát, 2 con voi, 5 con ngựa và chừng 60 tên lính.
Đức cha Cao đi trước, cha Khoa đi thứ hai, cha Điểm đi thứ ba. Đức cha Cao có 7 tên lính điệu đi: Một tên kéo gông một tên vác thẻ đề án, bốn tên đỡ bốn đầu gông và một tên cầm gươm đi kề. Cha Khoa và cha Điểm môi cha có 5 tên lính: Một tên kéo gông, một tên vác thẻ án, hai tên đỡ gông và một tên cầm gươm đi kề.
Án thẻ cha Khoa đề rằng:
“Chiếu đắc Nghệ An tỉnh, Quỳnh Lưu huyện, Thuận Nghĩa phường, chi Vũ Đăng Khoa, nguyên hệ Gia tô đạo trưởng, khâm án xử giảo quyêt”.
Ba đấng đi vui vẻ, mặt tươi tĩnh nghiêm trang, vừa đi vừa đọc kinh.
Bà Lý Xiển có mặt lúc đó kể lại:
“Các Ngài tay cầm sách Kinh đọc cho đến khi ra khỏi cửa thành thì xếp sách lại. ”
Ông Matthêu Nguyễn Xuân Tân kể:
"Đức cha và cha Khoa vừa đi vừa hát vui vẻ."
Đến cổng Bình, quan cho ba đấng lót bụng. Quan nói: Có muốn ăn thì ăn. song không đấng nào ăn cả.
Đức cha và cha Khoa còn trẻ nên đỉ đứng vững vàng, cha Điểm già yếu đi không vững, quan phải cho lính dìu đi.
Trên đường đến pháp trường gặp người quen, các đấng chào rồi lại tiếp tục cầu nguyện.
Giáo dân ít, hoặc vì sợ hoặc vì được tin muộn không đến kịp. Những người có mặt hôm đó: Kẻ đứng, người ngồi xa xa mà khóc. Lương dân đi xem đông. Họ không tiếc lời ca ngợi lòng can đảm, gan dạ của các đấng.
Đến pháp trường, lính dàn vòng ngoài, quan giám sát truyền trải chiếu cho ba đấng. Chính tay ông Vũ Xuân Quang, bào đệ cha Khoa trải ba chiếc chiếu ra ba nơi; chỗ Đức cha Cao có lót giấy và vải trắng để thấm máu.
Quan truyền mở gông, thợ rèn tới tháo điệp gông ba đấng ra.
Ba đấng qùy cầu nguyện giây lát. Đức cha Cao giải tội cho cha Khoa và cha Điểm.
Cha Khoa và cha Điểm bị xử giảo: Hai tay bị trói cập cánh ra sau lưng, hai chân bị trói vào cọc, mình nằm sấp trên chiếu, cổ bị thắt dây ghì vào hai cọc. Cha Khoa bảo người em là ông Quang ra ngoài. Ông Quang chạy ra ngoài sấp minh xuỗng đất mà khóc.
Cha Khoa và cha Điểm mồi người có 6 tên lính kéo dây, mỗi bên ba đứa kéo hai đầu dây. Dứt ba hồi chiêng. Đức cha Cao bị chém đau đớn, còn cha Khoa và cha Điểm, chúng riết chặt dây...
Của lễ hiến dâng trọn vẹn của các Ngài diễn ra vào ngày 24.11.1838, cha Khoa được 48 tuổi, làm linh mục được 8 năm.
Xử ba đấng xong, trời tối sẫm, quan truyẻn đắp chiếu các chi hài và bắt lính canh cả đêm.
Ông Vũ Xuân Quang, em cha Khoa, lấy tình ruột thịt đến xin nhận xác. Giáo dân Bình Chính cũng đã sắm ba bộ quan tài để táng xác ba đâ'ng. Quan An Phan Trừ chấp thuận, nhưng quan Bố bác bỏ vì sợ phép vua. nên ra lệnh canh giữ nghiêm nhặt, bắt chôn ngay tại pháp trường và phải thi hành gấp.
Vì tình trạng khẩn trương, giáo dân phải mua ba bộ quan tài cất xác ba đấng. Hai cha, người bản xứ nên vừa kích thước áo quan; còn Đức cha Cao, người Tây phương cao lớn, nên chân lòi ra ngoài cả gang tay, phải lấy chiếu bó chân.
I CHUYỂN THÁNH CỐT
Với lòng cung kính mến yêu. giáo sĩ cũng như giáo dân không ai an lòng khi thấy xác thánh ba đấng còn ở lại nơi pháp trường Đồng Hới; nhất là khi thấy lương dân. bái lòng sùng kính, đem hương đèn, giây vàng giấy bạc đến cúng bái nơi mộ các Ngài.
Cha chính Nghiêm tìm mọi cách chuộc xác ba đấrig mà không được.
Qua năm sau (1839), Bố chánh Nguyễn Đăng uẩn bị thổ huyết chết, ông Nguyễn Xuân Quang lên thay thế.
Vào tháng 11 năm 1839, thầy Phêrô Nguyền Khắc Tự và ông trừm Năm còn bị câu lưu tại nhà lao Đồng Hới, biên thư thúc giục cha chính Nghiệm:
" Cần lo liệu đem xác ba đấng về khi chúng tôi còn, kẻo sau này chúng tôi phải xử đoạn, thì không còn ai đến đây nữa, mà có khi còn phái để lại lâu hơn nữa chăng."
Cha chính Nghiêm một lần nữa cử thầy Thiềng vào lo liệu, ngài căn dặn:
“ Lấy được hết thì tốt, nểu khồng thể thì chỉ lấy cốt mà thôi cũng được như thói quen người bản xứ văn làm". Thầy Thiềng nhờ thầy Nguyễn và chị Mỹ là hai con ông trùm Năm, phụ giúp.
Các thầy mang lẻ vật vào qùy trước dinh quan Bố, đệ đơn xin đem xác các đấng vể quê, viện lẽ:
“ Để ba xác ở đó, trâu bò qua lại giậm nhẹp, chúng tồi là con cái biết sự ấy mà không lo thì không phái với cha, cùng ra thất hiểu, lỗi đạo con cái.”
Quan trả lời:
“ Không bao giờ ta dám cho phép vì yua ghét đạo các thầy cách lạ lùng. Song le có lấy trộm được thì ta khổng cấm và làm ngơ cho”.
Được quan cho biết sẽ làm ngơ, các thầy cùng với các con ông trùm Năm, đang đêm tối, tới lấy trộm được xác Đức cha Cao, đêm sau lấy trộm thêm xác cha Khoa.
(riêng xác cha Điểm thì năm sau mới dời được).
Mặc dầu chôn đã một năm, nhưng khi lấy lên, xác các Ngài vần còn nguyên vẹn.
Giữa hoàn cảnh cấm cách, đường từ Đồng Hới về Nghệ An lại xa xôi, không thể đem nguyên xác về, nên phải tìm cách lây cốt. Đêm sau, các thầy đem xác Đức cha Cao và cha Khoa từ Đồng Hới về làng Mỹ Lương (huyện Lệ Thủy) vào nhà thầy Nguyễn (con ông trùm Năm). Các thầy đào hố đố vôi ngâm xác hai ngày, lúc vớt lên phải dùng dao lốc hết thịt, rồi lấy rượu và giấm ngâm rửa sạch sẽ, đoạn xếp vào hai thúng đưa ra Nghệ An.
Thời kỳ này, việc cấm đạo càng nghiêm nhặt. Trước đó hai tháng, ngày 3.10.1839, vua Minh Mệnh ra tiếp sắc chỉ cấm đạo khắt khe thêm nữa, giáo phận phải phân tán các trường Đại và Tiểu Chủng viện, từng nhóm lén lút học với các thầy, các cha.
Ngày 20.12.1839, thánh cốt Đức cha Cao và cha Khoa được đưa về tới Trung Hậu (Nghệ An). Cha chính Nghiêm hân hoan đón tiếp thánh cô't hai đấng và tạm quàn trong nhà nguyện. Cha chinh Nghiêm, cha Nhượng (thừa sai), 5 cha bản xứ, các thầy phó và phụ phó tế, các Đại và Tiểu chủng sinh cùng một số giáo dân, lần lượt tới kính viếng và đọc kinh bên xác thánh trong hai ngày đêm. Qua ngày thứ ba, cha chính Nghiêm dâng lễ Tạ ơn trọng thể rồi cho chôn cất thánh cốt Đức cha Cao tại nền nhà thờ Trung Hậu, còn thánh cốt cha Khoa lại được tiếp tục .đưa về quê quán Ngài.
9. VỀ THUẬN NGHĨA Thánh cốt cha Khoa về tới quê hương Thuận Nghĩa ngày 23.12.1839. Cha già Thành chánh xứ, cha Hành phó xứ và thầy Thông trân trọng đón tiếp thánh cốt và tạm quàn tại nhà người anh cả của Ngài là ông Vũ Đình Khoản. Các vị cẩn thận xếp thánh cốt vào gói lụa qúy đặt trong quan tài bọc lụa đỏ, rồi cho di quan tới chồ tạm trú của cha già Thành. Các đấng dâng lễ Tạ ơn trọng thể rồi táng nơi nền nhà thờ. về sau nhà thờ được tu bổ lại thì nơi táng thánh cốt là phạm vi nhà mặc áo.
Đến năm Tự Đức thứ 14 (1861), nhà vua ghét đạo hơn cả vua cha là Thiệu Trị, ra nhiều sắc chi cấm đạo, ngay cả quan lại nào khổng triệt để thi hành dều bị vua trừng phạt. Nhiểu nhà thờ. nguyện đường bị đốt cháy, sợ rằng quan quân hoặc dân ngoại lợi dụng tình thế xúc phạm thánh cốt, nên ông Gioan Vũ Hữu Xuân (bào đệ) cùng ba người nhà (con trai tên là Thùy, con rể là Dung và cháu là Mân) đang đêm tối trời, lén lấy thánh cốt đưa về chôn trong nhà mình hai tháng. Vua Tự Đức ra chiếu chỉ phân tháp, bắt giáo dân cư ngụ lẫn lộn với người ngoại, mục đích dùng tay người ngoại kềm chế, buộc giáo dân bỏ đạo...ổng Xuân lại sợ mất thánh cốt, nên cùng với người nhà, đang đêm lén đưa thánh cốt ra chôn nơi thửa ruộng của ông ấy, lấy cỏ đắp thành ngôi mộ.
Mười năm sau, tình hình tạm yên ổn, Đức cha Gauthier Hậu. Giám mục địa phận Vinh, truyển đem thánh cốt về nơi xứng đáng. Ngày 13.5.1871, dưới sự chứng kiến của Đức cha Gauthìer Hậu, cha Bốn (linh mục thừa sai ở tòa Giám mục), cha Chấn chánh xứ, cha Vị ký lục (phố xứ) Thuận Nghĩa, một số Đại và Tiểu Chủng sinh cùng đông đảo giáo dân đến thửa ruộng ông Xuân, long trọng rước thánh cốt cha Khoa về thánh đường Thuận Nghĩa, dâng lề Tạ ơn, đoạn chôn sau nhà mặc áo.
về sau, làng Thuận Nghĩa xây cất thánh đường trên khu đất rộng tọa lạc ở giữa làng, thánh cốt cha Khoa vẫn giữ lại chỗ nguyện đường cũ, xây thành lăng riêng tôn kính Ngài. Nhiều người đã đến đây xin Ngài cầu bầu và được như sở nguyện (kẻ khô khan được ơn trở lại. được mùa lúa, mùa biền, mất của, mất trâu bò tìm lại được, bệnh hoạn được lành, hoạn nạn qua khỏi...)
10. TIẾN TRÌNH PHONG THÁNH Linh mục Phêrô Vũ Đăng Khoa Tử đạo ngày 24.11.1838 thì đầu năm 1839 cha chính Nghiêm (Clément Masson). Bề trên coi sóc giáo phận (khuyết Giám mục) trình Tòa thánh (Bộ Truyền giáo). Năm 1840, Đức Thánh cha Grêgôriô XVI ra sắc chỉ xét việc Tử đạo của Đức cha Cao, cha Khoa, cha Điểm, cha Tùy và 8 vị khác thuộc hai giáo phận Đàng Trong và Đàng Ngoài.
Do Sắc chỉ nói trên, Bộ Bí tích chỉ thị các Giám mục địa phương lập hồ sơ tiến hành thủ tục phong Á thánh (cũng gọi là Phúc lộc).
Tháng 5 năm 1868, tức đúng 30 năm sau khi cha Khoa tử đạo. Đức cha Gauthier Hậu. Giám mục giáo phận Vinh, cử Đức cha phố Hòa làm chủ tịch Hội đồng điều tra thiết lập dự án phong Á thánh. Hội đồng làm việc ròng rã hơn ba năm, từ 26.6.1868 đến 26.10.1871, dự án mới hoàn tất. Sau khi xem xét lại, ngày 26.6.1873 Đức cha Gauthier Hậu duyệt ký và đệ trình dự án về Tòa Thánh.
Dự án được lập thành ba bản:
Một bản gởi thẳng về Tòa Thánh, hai bản lưu trử nơi chắc chắn phòng thất lạc.
Việc đáng lưu ý là Đức cha Cao, cha Khoa, cha Điểm và thầy Tự là giáo sĩ thuộc địa phận Tây Đàng Ngoài, nhưng các Ngài tử đạo tại Đồng Hới là lãnh thổ thuộc giáo phận Đàng Trong. Do đó, hồ sơ phong Á thánh, cả hai giáo phận liên hệ đều phải thiết lập trình về Tòa Thánh.
Thiết lập dự án phong thánh là việc quan trọng, nên từ giám mục, linh mục, tu sĩ cho đến giáo dân và những người làm chứng đều phải đặt tay lên Kinh Thánh long trọng thề hứa:
Nói, viết và làm đúng sự thật. Kẻ nào gian dối đều bị vạ tuyệt thông, chỉ riêng Đức Thánh cha mới giải được vạ. Trong thời gian điều tra, người liên hệ trách nhiệm phải tuyệt đối giữ bí mật, ai tiết lộ bí mật cũng phải vạ tuyệt thông như trên.
Bộ Bí tích đã cứu xét các Dự án, đệ trình lên Đức Thánh cha.
Ngày 2.7.1899, Đức Thánh cha Lêô 13 châu phê sắc chỉ công nhận 49 trong số 52 vị mà các giáo phận đệ trình là thật sự tử đạo, còn ba đấng khác chưa đủ yếu tố.
Ngày 8.4.1900, Đức Lêô 13 ra sắc chỉ xác nhận:
“ về việc phong Á thánh cho 49 vị đáng kính ấy thì không có gì ngăn trở”. Trong số 49 vị đáng kính đầu tiên này có cha Phêrô Vũ Đăng Khoa Đến ngày 7.5.1900, Đức Lêô 13 châu phê và ngày 27.5.1900, Sắc phong Á thánh được chính thức công bố trong buổi lễ Đại triều long trọng diễn ra tại Đền thờ thánh Phêrô ở Rôma, lần đầu tiên chính thức mừng kính các Ngài.
Từ đó, hàng năm, lễ kính chung 49 vị Á thánh tử đạo này được ấn định vào ngày 24.11 là ngày Đức cha Cao. cha Khoa và cha Điểm tử đạo (1838). Như vậy, trong số 49 vị tử đạo được phong Á thánh dịp này có 38 vị tử đạo tại Việt Nam và 11 vị tử đạo tại Trung Quốc.
Tính ra từ ngày cha Phêrô Vũ Đăng Khoa tử đạo đến ngày phong Á thánh được 62 năm.
11. TÔN PHONG HIỂN THÁNH
Ngày 19 tháng 6 năm 1988, tại Đền thờ thánh Phêrô, Đức giáo hoàng Gioan-Phaolô II đã long trọng nâng Á thánh Vũ Đăng Khoa cùng 116 vị tử đạo khác lên hàng hiển thánh, không chỉ Việt Nam mà cho cả tín hữu khắp nơi trên thế giới tôn kính các ngài.
